Nuestra misión es administrar justicia para consolidar la transición hacia la paz y restaurar el tejido social, garantizando los derechos de las víctimas y la seguridad jurídica de los comparecientes, con enfoque territorial, diferencial y de género.

Nuestra visión a 2033 es haber hecho justicia, esclareciendo y estableciendo las responsabilidades penales individuales sobre los crímenes más graves y representativos cometidos durante el conflicto armado colombiano y resolviendo la situación jurídica de todos los comparecientes a la JEP, contribuyendo así a la construcción de la paz y la reconciliación nacional. 

1. Investigar, juzgar y sancionar los crímenes más graves y representativos ocurridos en el conflicto, priorizados por la Jurisdicción.
2. Resolver, dentro de un plazo razonable, las solicitudes, beneficios, y situación jurídica de los comparecientes ante la JEP.
3. Satisfacer los derechos de las víctimas a la justicia, la verdad y, contribuir a la satisfacción de los derechos a la reparación y no repetición como componente judicial del SIVJRNR, garantizando su participación efectiva ante la JEP.
4. Ser reconocidos como una entidad legítima y confiable, mediante la comunicación constante y clara de su gestión, y la activa participación de los distintos actores en la construcción de la paz y la búsqueda de la reconciliación.
5. Consolidar el fortalecimiento institucional que garantice la eficacia y la eficiencia en el cumplimiento de la misión de la Jurisdicción.