En las etapas anteriores a la priorización, la JEP agrupó los hechos en tres patrones:
1). Los crímenes cometidos en ejercicio del control social y territorial:
Este patrón agrupa conductas no amnistiables cometidas en ejercicio del control social y territorial como: Asesinatos selectivos, masacres, desplazamientos, desaparición forzada y violencia sexual en contra de personas que las Farc-EP catalogaron como 'enemigo'. Estos crímenes los llevaron a cabo contra personas desconocidas por los guerrilleros por ser foráneas a la región, así como contra campesinos de las zonas para regular su comportamiento y castigarla en casos de desobediencia, para vaciar el territorio de autoridades estatales y liderazgos políticos contrarios a su ideología y propósitos; todo esto con el fin dominar territorios considerados estratégicos militar y económicamente. El pico de estos hechos fue entre el 2002 y el 2007, en medio de la confrontación con paramilitares y con el Ejército nacional.

2). Los crímenes cometidos en desarrollo de las hostilidades.
Este patrón agrupa conductas no amnistiables cometidas en el desarrollo de las hostilidades como homicidios, los ataques indiscriminados, uso de medios y métodos de guerra prohibidos en tomas guerrilleras a poblaciones civiles, entre otras.
El plan estratégico para la toma del poder implementado por las Farc-EP conllevaba la confrontación militar con el Ejército nacional, así como con fuerzas irregulares de autodefensas y paramilitares.
Para ello, la guerrilla aumentó y diversificó su arsenal incluyendo armas no convencionales y de uso indiscriminado cuya utilización debe ser examinada por la Sala para determinar los casos en que se presentaron graves infracciones del DIH. Por ejemplo, algunos informes reportan el uso de minas antipersonal y de artefactos explosivos artesanales contra poblaciones civiles, así como 'métodos de combate' prohibidos. Ello incluye reportes de ataques contra objetivos que no eran militares o no representaban ventaja militar, la utilización de escudos humanos y los ataques contra personas y bienes protegidos por el derecho internacional humanitario como edificios religiosos, educativos y de salud.

3). Los crímenes cometidos en contextos urbanos.
Este tercer patrón parte del reconocimiento de asesinatos selectivos por parte de antiguos miembros del último Secretariado de las Farc-EP, así como de los expedientes que registran ataques urbanos con explosivos como el del Club El Nogal.
Así mismo, este patrón agrupa conductas no amnistiables como homicidios y ataques a bienes y personas civiles en contextos urbanos. Si bien las Farc-EP fueron una guerrilla campesina originaria de zonas de la expansión agrícola, a partir de su rápido crecimiento en la década de los noventa también incursionó en áreas urbanas, donde perpetró homicidios de civiles bajo modalidad de sicariato, atentados a personas y bienes civiles con explosivos.

En un primer avance de la investigación, la JEP encontró que el universo provisional de hechos, elaborado por el Grupo de Análisis de la Información (GRAI), estaría conformado por 169.400 hechos victimizantes. Al contrastar los distintos informes entregados a la Sala de Reconocimiento el GRAI y los despachos encontraron diferentes reportes de victimización pues una persona puede ser víctima de varios delitos; por ejemplo, de homicidio y del uso de medios y métodos ilícitos de guerra. El análisis continúa.
El universo provisional de hechos, incluye 54.000 víctimas de desplazamiento forzado y 50.100 víctimas del uso de medios y métodos ilícitos de guerra (en los que se incluyen ataques a bienes protegidos, ataques a personas protegidas, uso de minas antipersonal y artefactos explosivos improvisados, y hechos tipificados por la Fiscalía como terrorismo).
También el universo provisional de hechos habla de 48.000 víctimas de homicidio; 15.000 víctimas de desaparición forzada; y 2.300 víctimas de violencia sexual.
Así mismo, se encontró que estos crímenes variaron de acuerdo con las diferentes etapas del conflicto armado: Consolidación territorial de las Farc-EP (entre 1993 y 1996); intensificación de la confrontación con estructuras militares y grupos paramilitares (entre 1997 y 2006) y repliegue para evitar la confrontación directa con el adversario (entre 2007 y 2016). Los crímenes se concentraron en la segunda etapa de intensificación de la confrontación. Los departamentos más afectados fueron aquellos que tuvieron presencia de estructuras del Bloque Oriental y del Bloque Sur de las Farc-EP. En relación al desplazamiento forzado, la mayoría de las víctimas documentadas se concentran en Caquetá, Vaupés, Guaviare y Arauca.
En cuanto a los departamentos con mayor afectación por eventos en los que se registra el uso de medios y métodos de guerra ilícitos, especialmente en tomas guerrilleras, el análisis del GRAI encontró que Antioquia, Tolima, Cauca y Nariño, son los departamentos con el mayor número de hechos.