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En el Acuerdo de paz suscrito entre el Gobierno nacional y las FARC-EP, dentro del punto cinco (5) sobre las víctimas del conflicto, se acordó la creación del Sistema Integral de Verdad, Justicia, Reparación y No Repetición (SIVJRNR), compuesto por los siguientes mecanismos y medidas: la Comisión para el esclarecimiento de la Verdad, la Convivencia y la No Repetición; la Unidad de Búsqueda de Personas dadas por Desaparecidas en el contexto y en razón del conflicto armado; la Jurisdicción Especial para la Paz, y las medidas de reparación integral para la construcción de paz y las garantías de no repetición, contenidas en el Acto Legislativo 01 de 2017.

En su componente de Justicia, se acordó la creación de la Jurisdicción Especial para la Paz, compuesta por: la Sala de Reconocimiento de Verdad, de Responsabilidad y de Determinación de los Hechos y Conductas, la Sala de Definición de las situaciones jurídicas, la Sala de Amnistía o indulto, el Tribunal para la Paz, la Unidad de Investigación y Acusación y la Secretaria Ejecutiva.

La Secretaría Ejecutiva, es la primera institución de dicha Jurisdicción que entra en funcionamiento y tiene las siguientes responsabilidades:

1.   Diseñar e implementar la infraestructura de la JE, así como coordinar la puesta en marcha de todos los órganos de la JEP

2.   Aplicar los acuerdos sobre dejación de armas y la concesión de amnistías, indultos y tratamientos especiales

3.   Adoptar las medidas cautelares para la preservación de los archivos públicos y privados

4.   Verificar el contenido reparador de los trabajos y obras realizados por las FARC

5.   Organizar la recepción de informes y asegurar la participación de las víctimas

6.   Administrar, gestionar y ejecutar los recursos de la Jurisdicción Especial para la Paz

En el numeral 68 del Acuerdo sobre la Jurisdicción Especial para la Paz del 15 de diciembre de 2015, las delegaciones del Gobierno nacional y de las FARC-EP en la Mesa de Conversaciones definieron, de mutuo acuerdo, confiar a las Naciones Unidas la designación del Secretario Ejecutivo de la JEP, habiendo sido elegido el Doctor Néstor Raúl Correa Henao, quien fue posteriormente ratificado por el Comité de Escogencia.

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Hasta tanto sea creado dentro de la estructura del Estado el cargo de Secretario Ejecutivo de la Jurisdicción Especial para la Paz, así como la Secretaría Ejecutiva de dicha jurisdicción, el Secretario Ejecutivo actuará transitoriamente como funcionario de la Organización de Naciones Unidas.​​​​​