La Comisión está conformada por seis (6) magistrados y magistradas, tres de las Salas de Justicia y tres del Tribunal de Paz, designados por la plenaria por un periodo de tres (3) años. A la comisión podrán asistir magistrados o magistradas en calidad de invitados permanentes. La Comisión tendrá un coordinador o coordinadora por igual periodo. Participan con voz y voto dentro de la Comisión de Género, el GRAI, la UIA y la Secretaría Ejecutiva. Los o las representantes de estas unidades serán designados o designadas por el o la jefe de cada una de las unidades, por un periodo de tres (3) años. La Secretaría Técnica está a cargo de la Secretaria Ejecutiva con delegación al Departamento de Enfoques Diferenciales.
Magistrada coordinadora: Reinere de los Ángeles Jaramillo Chaverra
Magistrada Alexandra Sandoval Mantilla (Sala de Amnistía o Indulto. Actual Vice Presidenta de la JEP)
Magistrado Alejandro Ramelli Artega (Sección de Ausencia de Reconocimiento de Verdad y Responsabilidad)
Magistrada Heydi Patricia Baldosea Perea (Sala de Definición de Situaciones Jurídicas)
Magistrada Catalina Díaz Gómez (Sala de Reconocimiento de Verdad y Responsabilidad)
Magistrada Zoraida Anyul Chalela Romano (Sección Con Reconocimiento de Verdad y Responsabilidad)
Fiscal ante tribunal Digna Isabel Durán Murillo
Jefe del Grupo de Análisis de Información (GRAI), Marcela Abadía Cubillos.
Secretario Ejecutivo, Harvey Danilo Suárez Morales
Secretaria técnica de la Comisión de Género, María Elena Tobar Gutiérrez (Jefe Departamento de Enfoques Diferenciales)